Загрузочные вирусы заражают загрузочный (Boot) сектор флоппи-диска и Boot-сектор или Master Boot Record (MBR) винчестера. При инфицировании диска вирус в большинстве случаев переносит оригинальный Boot-сектор (или MBR) в какой-либо другой сектор диска (например, в первый свободный). Если длина вируса больше длины сектора, то в заражаемый сектор помещается первая часть вируса, остальные части размещаются в других секторах (например, в первых свободных). Затем вирус копирует системную информацию, хранящуюся в первоначальном загрузчике, в свои коды и записывает их в загрузочный сектор. После чего невозможно загрузить операционную систему, либо диск не видится ни одним из приложений.